Η Έφη Τσακαλίδου αποφοίτησε από το Τμήμα Χημείας του Αριστοτέλειου Πανεπιστήμιου Θεσσαλονίκης το 1980. Με υποτροφία του ιδρύματος «Α.Σ. Ωνάσης» συνέχισε τις σπουδές της στη Γερμανία και το 1986 πήρε διδακτορικό δίπλωμα στη Βιοχημεία από το Πανεπιστήμιο της Κολωνίας.

Το 1987 άρχισε να εργάζεται ερευνητικά στο Εργαστήριο Γαλακτοκομίας του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών και από το 2008 υπηρετεί ως Καθηγήτρια Βιοχημείας Τροφίμων στο Τμήμα Επιστήμης Τροφίμων και Διατροφής του Ανθρώπου.

Ερευνητικά ασχολείται με τα οξυγαλακτικά βακτήρια και ειδικότερα με θέματα ταξινόμησης, μεταβολισμού, φυσιολογίας, γενετικής, βακτηριοσινών, προβιοτικού δυναμικού και τεχνολογικής απόδοσης.

Έχει πάνω από 350 επιστημονικές δημοσιεύσεις, μεταξύ αυτών 119 άρθρα σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά, 17 κεφάλαια σε βιβλία, 132 ανακοινώσεις σε διεθνή συνέδρια, 79 ανακοινώσεις σε εθνικά συνέδρια και 12 προσκεκλημένες ομιλίες (εκτός συνεδρίων). Είναι μέλος και συντονιστής ερευνητικών προγραμμάτων Ευρωπαϊκής (18 έργα) και Εθνικής χρηματοδότησης (30 έργα) καθώς και του Ιδιωτικού τομέα (5 έργα), συνολικού ύψους 6.000.000 ευρώ, κριτής επιστημονικών άρθρων σε διεθνή περιοδικά, μέλος της Συντακτικής Επιτροπής διεθνών επιστημονικών περιοδικών καθώς και μέλος Επιστημονικών Ενώσεων.

Η Έφη Τσακαλίδου είναι Διευθύντρια του Εργαστηρίου Γαλακτοκομίας του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών και Επιστημονική Υπεύθυνη της Συλλογής Μικροοργανισμών ACA-DC του Εργαστηρίου Γαλακτοκομίας. Από το 2012 ως ο 2017 διετέλεσε Αναπληρώτρια Πρόεδρος του Συμβουλίου Ιδρύματος του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών.